Sejarah penubuhan UiTM di Johor Bahru bermula pada akhir 1990an dengan menawarkan program PJJ hujung minggu bertempat di Sekolah Menengah Tasek Utara, Johor Bahru. Dengan peningkatan permintaan daripada masyarakat setempat, program pasca ijazah telah diperkenalkan dan Kampus Kota telah dipindahkan operasinya ke Menara Landmark, Johor Bahru pada tahun 2000. Bermula 2 Julai 2007, Kampus Kota Johor Bahru telah ditukar menjadi Kampus Bandaraya Johor Bahru dan beroperasi dengan menyewa bekas bangunan Kolej Islam Yayasan Pelajaran Johor (YPJ) di Larkin dengan jumlah pelajar hanya seramai 100 orang. Pada 1 Januari 2011, Kampus Bandaraya Johor Bahru telah bertukar dengan nama baharu iaitu Kampus Johor Bahru. Kampus Johor Bahru merupakan kampus kota kepada UiTM Cawangan Johor yang berpusat di Kampus Segamat.
Kampus ini yang diketuai oleh Penolong Rektor dan dibantu seramai 84 orang staf bahagian pengurusan dan 29 orang staf akademik pelbagai kursus. Program-program berteraskan perniagaan mula diperkenalkan iaitu Diploma Perakaunan, Diploma Perbankan, Diploma Pengajian Perniagaan dan Program Pasca Ijazah Pentadbiran Perniagaan Eksekutif (EMBA). Program e-PJJ untuk Ijazah Sarjana Muda Pengajian Perniagaan (Pemasaran) (Kepujian) telah diperkenalkan pada semester Julai – November 2009. Manakala pada semester Mei - Oktober 2011 Program e-PJJ untuk Ijazah Sarjana Muda Pendidikan (Sekolah Rendah) (Kepujian) mula diperkenalkan.
Sehingga Disember 2011, kampus ini mempunyai seramai 700 orang pelajar diploma, iaitu 310 orang pelajar bagi Diploma Perakaunan, 139 orang pelajar bagi Diploma Perbankan dan 251 orang pelajar bagi Diploma Pengajian Perniagaan. Selain itu, kampus ini juga turut menyediakan kelas bagi 37 orang pelajar Sarjana Pentadbiran Perniagaan (BM771) yang diadakan pada setiap hujung minggu iaitu hari Sabtu dan Ahad. Memandangkan permintaan yang semakin banyak, kampus ini turut menyediakan kelas bagi pengajian luar kampus bagi Ijazah Sarjana Muda Pendidikan (Sekolah Rendah) Dengan Kepujian (ED231) seramai 111 orang pelajar , kursus Ijazah Sarjana Muda Pentadbiran Perniagaan (Kewangan) (BM222) seramai 17 orang pelajar dan kursus Ijazah Sarjana Muda Pentadbiran Perniagaan (BM220) seramai 45 orang pelajar.